近年来,由于微卫星标记具有共显性遗传、多态性高、稳定性好以及开发技术高效率等优点,被广泛用于各种生物群体的遗传多样性分析、基因定位、遗传连锁图谱构建及品种鉴定等遗传学方面研究。海参既是珍贵的食材又是名贵的药材,国内外需求量不断扩大;但由于自然环境破坏等因素,我国海参的野生群体资源量在持续下降;然而除了仿刺参外,其它热带海参种的遗传多样性方面的研究十分有限,并且在微卫星标记开发方面尚且空白或不足。因此,为了能够更好的进行海参的分子辅助育种研究以及群体遗传结构的分析,进而有力保护野生群体以及加大人工繁育产量,那么迫切需要进一步扩充海参微卫星标记文库。本研究选取了在我国海参养殖业中较具代表性的四种海参,即仿刺参（Apostichopus japonicus）、糙刺参（Stichopus horrens）、糙海参（Holothuria scabra）和玉足海参（Holothuria leucospilota）,作为微卫星开发的实验样品。采用FIASCO（Fast Isolation by AFLP Sequences Containing Repeats）方法,通过MseI酶切基因组DNA、生物素标记的（CT）₁₅、（GT）₁₅混合寡核苷酸探针杂交以及磁珠富集,分别构建了四种海参的（GA）n和（CA）n微卫星富集文库,从中分离和筛选新的多态性微卫星标记并对其遗传信息特点进行分析。从仿刺参的微卫星富集文库中,随机挑选142个片段大小为400-1000bp的阳性克隆进行测序,从中获得80条微卫星序列,阳性克隆率为56.33%;共设计36对特异性引物,最终获得15个微卫星位点,其中14个为多态性位点,1个为单态性位点;在14个多态位点中,每个位点的等位基因数（N_a）为2-6个,观察杂合度（H_o）为0.0345-0.4667,期望杂合度（H_e）为0.0339-0.6635;多态信息含量（PIC）为0.094-0.679,其中中、高度多态位点为11个;Hardy-Weinberg平衡检测14个多态性位点后,4个位点不符合平衡定律。从糙刺参的微卫星富集文库中,随机挑选161个片段大小合适的阳性克隆进行测序,并获得129条微卫星序列,阳性克隆率为80.12%;共设计引物为45对,从中获得13个微卫星位点,其中11个为多态性位点,2个为单态性位点;每个位点的等位基因数（N_a）为3-8个,观察杂合度（H_o）为0.1364-0.8966,期望杂合度（H_e）为0.1653-0.7551;多态信息含量（PIC）为0.271-0.734,11个多态性位点均为中、高度多态;经哈温平衡检测,2个位点P小于0.004545,不符合平衡定律,其它9个均符合。从糙海参的微卫星富集文库中,随机挑选300个片段大小合适的阳性克隆进行测序,并获得240条微卫星序列,阳性克隆率为80.00%;最终获得20个微卫星位点,其中16个为多态性位点,4个为单态性位点;每个位点的等位基因数（N_a）为2-6个,观察杂合度（H_o）为0.0333-0.5172,期望杂合度（H_e）为0.0328-0.6901;多态信息含量（PIC）为0.032-0.712,其中中、高度多态位点为11个;哈温平衡检测发现,2个位点不符合平衡定律（P<0.003125）。从玉足海参的微卫星富集文库中,随机挑选172个片段大小合适的阳性克隆进行测序,并获得111条微卫星序列,阳性克隆率为64.53%;最终获得16个微卫星位点,全部为多态性位点,无单态位点;每个位点的等位基因数（N_a）为3-5个,观察杂合度（H_o）为0.0370-0.5000,期望杂合度（H_e）为0.0776-0.6250;多态信息含量（PIC）为0.183-0.668,其中中、高度多态位点为14个;哈温平衡检测后发现,13个位点均符合定律,其它3个位点偏离平衡（P<0.003125）。结果表明:FIASCO法是一种有效的微卫星分子标记开发技术。本研究一方面基于以上数据对四种海参的群体遗传多样做了简要分析,另一方面,着重从技术角度探讨提高微卫星富集文库构建效率,改进和优化微卫星标记开发相关步骤。本研究中所获得的47个中高度多态性微卫星位点,可将尝试性地被用于其它海参的遗传多样性分析等研究,为海参的系统进化分析、辅助标记育种等提供候选微卫星标记。