本研究采用6个蛋白(酶)位点和10个微卫星座位对100日龄贵州兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)的遗传多样性进行研究，研究结果表明： (1) 所研究的6个蛋白(酶)位点，除Pa在矮脚黄鸡中为单态，在兴义矮脚鸡各群体为多态外，其余各位点在各群体中均表现多态，分别受2—3个等位基因控制。 (2) 四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因，各座位上等位基因数为5—10个，平均为7.100个。各群体在各座位上的等位基因频率变化范围为：0.0100—0.8085。其中，微卫星座位ADL0201的等位基因f、g和ADL0210上的e基因为dy群体所特有，而MCW0294座位上的a基因和MCW0104座位上的f基因为兴义矮脚鸡各群体所特有。 (3) 四品系(群)矮脚鸡均具有丰富的遗传多样性，尤其是兴义矮脚鸡虽经过多代选育，仍有较大的选择空间。 (4) 利用6个蛋白(酶)位点和10个微卫星位点所计算的四品系矮脚鸡群体的聚类图一致。 本研究丰富了我国地方鸡种基因库，同时为矮小型鸡的品种资源保护和开发利用提供了分子基础。