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变形菌视紫红质(Proteorhodopsin PR)是一类吸光色素膜蛋白,它是由7个跨膜α-螺旋(A-G)组成的视蛋白(opsins)与色素视黄醛(retinal)通过共价键结合而形成的。PR首先在海洋细菌中被发现,在随后的研究中发现,PR广泛的分布于各种淡水和海水水域中。而目前,尽管科学家们已在海洋及淡水水域通过宏基因组测序发现了超过10,000种PR的基因,但是对于PR宿主菌的分离及研究比较少,尤其是淡水中的PR宿主菌还未见报道。为了能够更好地研究PR及其在细菌体内的功能,我们试图在淡水中筛选含有PR的细菌。为了能够在淡水中快速有效的获得含有PR基因的细菌,我们构建了一个缺失编码300bp左右PR保守序列的表达载体pHot75BE-vc,并验证了利用该载体进行PR基因的鉴定的可行性。结果表明,利用该载体可以正确表达已知PR蛋白,该载体可以用于快速筛选含有PR基因的细菌。本实验随后利用构建的载体pHot75BE-vc对采集的不同水样进行含PR基因的细菌的筛选。成功地从金牛湖采集的水样中分离出一株含有PR基因的菌株命名为JL-3。扩增出的300bp保守序列的测序结果经与同源PR的氨基酸序列对比表明,其与Exiguobacterium sibiricum255-15中rhodopsin中81位到195位的氨基酸序列有86%的同源性。为了获得该PR的全基因,根据已获得的300bp的PR基因序列,采用Self-Formed Adaptor PCR的方法,成功地扩增得到了该菌的全长为750bp的PR基因。本实验还对分离得到的JL-3进行了分类鉴定,通过对形态学、生理生化特性和16srDNA的序列分析,结果显示,该菌属于微小杆菌属(Exiguobacterium).因此将其命名为Exiguobacterium sp.JL-3.