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生物大分子模拟在生物研究领域中具有重要作用。如今,量子化学计算和分子动力学模拟在生物分子理论计算领域广为应用。对于分子力学来说,力场的构建尤为重要。基于分子力场,可以展开蒙特卡洛计算以及分子动力学模拟。分子力场的构建需要使用大量的分子构象、能量、电荷分布等物理化学信息。本文工作即是为了构建蛋白质力场而进行大规模模拟计算并聚类分析进而得到一套具有代表性且具有一定可用性的数据集。在蛋白质选取方面,考虑到蛋白质的生物环境,对蛋白质多种复合物进行选择以保证其一般性。然后进行动力学模拟得到蛋白质轨迹,并借鉴M