高度自治权是特别行政区制度的核心，是保障特别行政区制度有效运行，实现国家统一、保障港澳社会稳定、经济繁荣的重要保障。高度自治权的动态运行和静态配置，实现了单一制国家结构下中央和地方关系的良性互动，促使特别行政区制度的政治体制、司法体制、经济结构、社会治理的有效运行，贯穿于特别行政区制度的始终。本文主要从自治权的一般理论、高度自治权的授权原理、高度自治权运行的冲突分析、高度自治权的协调机制以及高度自治权的司法纠纷解决机制五个方面，逐步展开对高度自治权的探讨。第一章，主要分析自治权的一般理论，从而提出高度自治权的授权本质。第一节，分析了自治权的基本内涵、基本要素和表现形态。通过对自治权的一般梳理，明确自治或自治权的基本内涵，探讨自治权的组成要素，分析自治权运行的表现形态，为高度自治权理论和实践的展开，提供基本的理论支撑。第二节，分析自治权的性质，并提出了高度自治权的授权本质。即，授权性是高度自治权的本质属性。在明确高度自治权具有授权本质的基础上，提出高度自治权力和高度自治权利是高度自治授权性的具体表现，两者构成了高度自治权的主体内容。第三节，分析了与高度自治权有关的概念。主要概要地分析高度自治权与主权、高度自治权与特别行政区制度的问题。为高度自治权的进一步展开作一定准备。第二章，重点分析了高度自治权的授权理论。第一节，高度自治权与国家结构。国家结构形式直接影响和制约着授权理论的形成和发展，是授权理论的宪政法律背景。高度自治权的授权理论也必须在这个语境和背景下得以形成和解释。第二节，高度自治权与剩余权力。首先，分析了剩余权力的专属性，即剩余权力是联邦制国家下宪政权力分配的必然结果，是联邦制下权力运行的具体形态。其次，阐述高度自治权是中国特色的地方自治权。即，通过单一制国家内部自治权力配置和自治运行实践的对比中，突出高度自治权在中国语境下运行的特点，指明高度自治权的中国特色，最后，理论上，批驳高度自治权是“剩余权力”的论述。第三节，高度自治权的范围。主要分析了高度自治权的授权依据、基本原则和主要内容，从而明确高度自治权的基本内容和构造。第三章，阐述高度自治权运行的冲突。主要从三个方面展开，第一节，高度自治权运行的影响因素。即政治、经济、法治和国际的因素。它们是高度自治权运行的主要内外条件。第二节，分析高度自治权运行中冲突的基本类型。即，行政长官的任命难题、身份难题和民主难题三个主要问题；立法和行政长官代表性以及普选后双元权威之间的对立；司法机关的对行政主导政制的冲击和影响。第三节，港澳高度自治权运行的比较。主要从相同点和相异点两个方面展开论述。通过分析比较，指出了香港高度自治主要是解决促进“人心回归”的问题，而澳门高度自治权的发展主要在于法律制度及其体系的完善。第四章，高度自治权运行的协调机制。即，建立有效地运行机制，对系统内外各要素相互协作、相互配合、相互促进共同发展的良性互动。主要有三个组成部分：第一节，协调机制的概述和特点。即协调机制中主体的多元、形式的多样和功能的多面。第二节，特区高度自治权的内部协调机制。主要围绕行政会的主要类型、性质和功能展开。第三节，特区高度自治权的外部协调机制。即基本法委员会的性质和特点、功能和结构。最后，从实体和程序上，指出了协调机制的不足和问题，并提出了完善的方式和途径。第五章，高度自治权运行的司法解决机制。该部分主要从基本法解释权的权力配置和运行冲突入手，分析建立有效的司法解决机制。第一节，分析基本法解释权配置的授权属性。即香港基本法第158条四款规定，构成了基本法解释权的三层建构。三层建构就是基本法解释权授权属性的内在要求和实在反映。第二节，阐述特区基本法解释的冲突。一方面是社会主义法系和资本主义普通法系之间的制度和理论差异；另一方面，基本法第158条存在内在缺陷。即，基本法解释权配置上的缺陷，以及解释程序中存在的问题。第三节，提出特区基本法解释的完善方式和途径。即，在明确基本法解释权授权属性的基础上，在实体权力配置和程序规定上，完善基本法的解释制度。