整体性治理理论是继治理理论产生之后于20世纪90年代中后期发展起来的,在一定程度上,整体性治理理论是对传统治理理论的继承和发展。从面临的问题、支持性条件和理论工具本身的分析力三方面来看,以整体性治理理论分析中国地方政府变革具有较高的适用性。市辖区政府的运行是中国地方政府运行的重要一环。明确改革开放以来,尤其是现阶段中国地方政府运行所遵循的基本逻辑,有利于为市辖区政府治理的分析奠定宏观的基础。纵向行政发包与横向政府间竞争并存,行政性分权与地方政府横向集权并存,实际运行中走向偏颇的官员政绩考核机制与地方政府的自主性并存,强激励机制与弱监督机制并存,这些基本体现了现阶段中国地方政府运行的基本逻辑。现阶段,市辖区政府治理中的“权力碎片化”问题主要体现为市区两级政府职能交叉和机构设置重叠,及以事权与财权为核心的权力摩擦。市辖区政府治理过程中的深层次问题主要是,市辖区政府治理受地方政府治理基本逻辑的制约,是地方政府治理行政目标责任制、晋升锦标赛、压力型体制及政绩考核机制的参与主体,但是却不具有独立的主体资格。在一定程度上市辖区政府治理的困境是整体政府治理困境的一个缩影,假如地方政府治理的基本逻辑没有根本改变,徒然要求市辖区转变政府职能是很难做到的。现有的以政绩考核为代表的激励机制使市辖区政府在经营者和管理者两种角色之间挣扎,其角色定位始终得不到明确。市辖区政府在职能上回归公共管理的本位,则不仅其特有的尴尬会得到根本性解决,其与市级政府的权责摩擦也将得到大幅度缓解。从整体性治理视野下看待市辖区政府治理改革,不仅需要在政府管理系统内部调整市区两级政府的纵向关系,加强市辖区政府内部机构整合,也需要建构以市辖区政府为核心、以社会组织与市场机制为补充的公共治理体系。整体性治理视野和整体性治理的解决方案有利于远近兼顾、标本兼治,在解决具体问题过程中碎步前行,逐步夯实公共治理结构的基础,提升公共治理的质量。但问题的另一面是,整体性治理的思路,无疑对于政府的理性能力、政策制定能力以及决心和魄力都是一个巨大的考验。