本文从克鲁格曼地理本性论出发来分析连片特困地区贫困原因。首先,构建贫困原因分析指标体系,用合成海拔,环境脆弱性,农业生产潜力,水资源适宜度指标代表第一本性(自然禀赋),经济区位指数、交通便捷性代表第二本性(交通与区位),受教育年限、通讯便捷性代表第三本性(人力资本与研发水平)。其次,使用灰色关联法建立贫困原因分析模型,探究14个连片特困地区的贫困原因,同时利用因子分析方法分析14个贫困连片特困地区困难程度。研究结果表明:从空间位置来看,偏东部山区如大别山区、燕山—太行山区、大兴安岭南麓山区主要受第三本性人力资本与研发水平不足导致贫困;中部山区如罗霄山区、吕梁山区、武陵山区主要由第二或第一本性起主要致贫作用;西部山区如西藏地区、四省藏区、新疆南疆三地州、滇桂黔石漠化区、滇西边境山区主要由第一本性引发贫困。研究还发现,各个山区与三个本性关联度不同,即使由同一本性引起,具体贫困原因也有所不同。因此需要依据相应贫困原因和贫困类型施策,区别不同情况,做到对症下药、提出具有地域性差异的扶贫开发和脱贫工作政策建议。