在科技成为推动社会前进与发展的主要动力的今天,如何从科技的投入产出角度进行研究提高配置效率成为重要的研究课题。在全国将科技作为发展重点的背景下,黑龙江省科技投入的科技经费总量也呈现逐年增加的趋势。但是科技专项基金投入量与配置的权重仍然没有达到最佳状态,导致配置没有可依据的有效办法。在新预算法颁布的背景下,研究黑龙江省科技专项基金配置现状并对其进行评价与提出建议,在提高黑龙江省科技专项基金配置效率的同时对于加快黑龙江省科技进步的加速度具有重要的意义。本文在研究了与科技专项基金相关的新预算法的主要内容、修改重点以及对科技专项基金未来配置影响的基础上,将新版预算法的颁布作为重要背景来研究黑龙江省科技专向基金投入产出的现状,重点采用了理论与实证分析相结合的方法,分析、评价了黑龙江省科技专项基金配置效率问题。具体体现为,论文首先对科技专项基金的相关基本理论进行了系统的介绍,包括科技专项基金的分类特点进行阐述,然后在总结了国内外相关理论的前提下,通过统计数据对黑龙江省科技专项基金的配置现状进行了分析和评价,遵循评价指标体系建立原则及数据包络分析方法中的C2R和BC2模型分别建立黑龙江省科技专项基金配置效率国家层面和省域层面的评价模型,最后从科技投入及产出两个方面对2002年至2014年黑龙江省省域层面的科技专项基金配置效率进行纵向比较,同时横向对比了 2014年全国主要省市自治区的配置效率,从而得出提高黑龙江省科技专项基金配置效率应当从配置机制、配置结构和配置环境和价值导向四个方面着手,以提升黑龙江省科技专项基金配置效率为目的,来给出提高科技专项基金配置效率的对策和建议。