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竹类植物是禾本科(Gramineae)竹亚科(Bambusoideae)植物的总称,是森林资源的重要构成部分。我国南方地区的沿江滩涂地以及低湿地竹类资源较丰富,这些耐水湿竹类对于土地资源的利用、调整当地农村产业结构以及改善当地的生态环境具有重要的作用,但一些竹种之间的亲缘关系尚存在争议,影响了一些竹种的科学和有效的利用。本论文主要对刚竹属、苦竹属和箬竹属共3个属11个耐水湿竹种进行了两方面的研究:(1)耐水湿竹种SSR-PCR反应体系的建立和优化及SSR引物筛选;(2)基于ISSRs的耐水湿竹种的遗传多样性及亲缘关系研究。研究结果如下:1.采用正交试验设计和单因素分析方法建立和优化了耐水湿竹种SSR-PCR反应体系,筛选了SSR引物。反应体系总体积为20.0μL:模板DNA(5-10 ng·μL-1)1.1μL、dNTP(10 mmol·L-1)0.44μL、正反向引物(10μmol·L-1)0.26μL、Mg2+(25 mmol·L-1)2.0μL、Taq DNA聚合酶(5 U·μL-1)0.8μL、10×PCR缓冲液2.0μL、HPLC超纯水13.14μL。PCR扩增程序为:94℃预变性3 min;44个循环:94℃变性30 sec,54.0~56℃退火30 sec,72℃延伸60 sec;最后72℃延伸3min。同时,实验显示了SSR标记在不同竹种间有限的通用性。2.建立了耐水湿竹种ISSR-PCR最适反应体系,利用优化后的ISSR-PCR反应体系筛选出了11条多态性好、谱带清晰、稳定性好的引物,并运用这些ISSR引物分析了耐水湿竹种的遗传多样性和亲缘关系。结果显示了这些耐水湿竹种有较高的遗传多样性,与其表型特征的多态性相符。基于Dice相似性系数的UPGMA聚类分析可将本研究中的11个竹种明显地区分开来,并且将其清晰地归入3个组,且与刚竹属、苦竹属和箬竹属相对应。聚类分析结果部分地支持了传统的形态学分类结果,但显示斑苦竹与刚竹属亲缘关系较箬竹更近。本研究还初步发现一些竹属的ISSR特异性条带,可用于竹属的鉴定。基于ISSR标记的竹种亲缘关系分析,较好地支持和补充了传统的形态学分类方法。揭示了耐水湿竹种的遗传多样性和亲缘关系,可为今后杂交育种工作中亲本的选配和合理引种提供科学的理论依据和实践指导。