追踪系统作为一种新技术在农产品供应链应用中越来越被关注，人们对利用信息技术解决食品安全问题寄予厚望。但是政府和企业对于引入新技术带来的组织形式和成本收益等方面变化都没有充分的认识。本研究结合经济原理和案例分析，归纳应用追踪系统基本经济规律，总结出实际应用中主要经验以供参考。通过一个简单的模型描述了市场信息透明程度对于不同类型生产者的行为影响，揭示了高级生产者比低级生产者更加偏好高信息透明程度，他们建立声誉将会以信息溢价的减少为代价。同时模型还显示了在食品安全上的损失与监管支付的负相关关系，追踪与企业管理水平不匹配可能带来的问题。分析应用追踪系统的一般规律时主要从企业内部实施和政府建立统一的企业间平台两个方面说明，追踪系统实际上是在企业面临越来越复杂的供应链，即使在一体化企业的内部协调监督成本也变得非常高的情况下出现的一种降低信息交易成本的需求，他产生效益依赖于生产规模和管理效率的提高。应用追踪系统给政府带来了更大的政策灵活性，避免财政约束导致的监管不足，政府应该引导企业应用追踪系统，获得声誉溢价，同企业合理分担成本。最后围绕一个主要案例分析实际操作中的经验和问题，验证前面分析的一般规律。企业在应用追踪系统前首先需要列表分析有利和不利因素，充分估计运行成本和可能的收益，在设计实施时需要同现有的信息传递系统很好的结合，充分挖掘其他各种效能，降低新增成本，要利用记录的信息实现管理职能，降低交易成本，提高合同履约率。