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稻瘟病(Magnaporthe oryzae)是水稻生产中危害最为严重的病害之一,每年给世界水稻生产带来重大损失。由于稻瘟病菌的致病性变异频繁,常导致水稻抗病品种种植3-5年后就抗性丧失。因此,研究湖南稻瘟病菌的无毒基因组成及稻瘟病菌的群体遗传多样性,对湖南省水稻抗病品种的选育及抗瘟基因的布局具有重要的意义。用已知抗瘟基因型的30个近等基因系水稻分析了从湖南各地区感病栽培水稻上分离到的103个稻瘟病菌的无毒基因型,结果显示,湖南稻区稻瘟病菌含有全部30个无毒基因,其中Avr-Pi-a(1)、Avr-Pi-a(2)、Avr-Pi-Ks(1)、Avr-Pi-z和Avr-Pi-ta(2)等无毒基因出现的频率低于20%,说明抗瘟基因Pi-a(1)、Pi-a (2)、Pi-Ks(1)、Pi-z和Pi-ta(2)对湖南省的稻瘟病菌逐渐失去抗性；而无毒基因Avr-Pi-Kh、Avr-Pi-9、Avr-Pi-b(c)、Avr-Pi-ta2、Avr-Pi-Kt、Avr-Pi-1、Avr-Pi-5和Avr-Pi-sh(1)出现的频率高于70%,表明抗瘟基因Pi-Kh、Pi-9、Pi-b(c)、Pi-ta2、 PiKt、Pt-1、Pi-5和Pi-sh(1)在湖南水稻抗瘟育种中具有较大的利用价值。对湖南省103个稻瘟病菌株进行生理小种鉴定,结果表明,湖南稻瘟病菌群体结构较为复杂,生理小种数量较多,目前7个种群的稻瘟病菌在湖南省都有分布,其中优势种群为ZB种群,出现频率为33.10%,ZB、ZC和ZA群分化较大,分别有7、6和5个生理小种,ZD、ZE、ZF、ZG分化较弱,分别有2、2、1、1个生理小种,优势生理小种为ZG1,出现频率为16.50%,其次为ZC15和ZB31,其他生理小种出现的频率较低。虽然ZG1为湖南省的优势生理小种,但强致病力的籼型生理小种出现的频率远大于粳型生理小种,因此加快培育或引进新的广谱抗瘟品种十分必要。用13对SSR引物对从湖南各地区栽培品种上分离到的169个稻瘟病菌株进行遗传多样性分析,结果显示,在0.8的相似水平上可划分为8个宗谱,其中01宗谱为优势宗谱,占总菌数的66.9%。多数宗谱的菌株包含多个来源地和较多的水稻品种的分离菌,病菌宗谱与菌株来源及寄主品种之间关系复杂,有的来自同一地区的菌株分布于多个宗谱,但来源于相同稻区或同一标样的菌株亲缘关系相对较近。研究亦显示,在某一稻区栽培品种组成多样化程度越高,则该稻区的稻瘟病菌群体遗传多样性越丰富。用13对SSR引物对从湖南丽江新团黑谷上分离的192稻瘟病菌进行遗传多样性分析,结果表明,在0.8的相似水平上可划分为9个宗谱,其中L01宗谱为优势宗谱,占总菌数的71.9%,分析表明丽江上稻瘟病菌群体的遗传结构比各个栽培品种上稻瘟病菌的群体遗传结构更具代表性。