财政专项拨款作为教育经费投入的重要途径之一,其主要促进作用体现在高校教学质量的提高、科研水平的提升、基本办学条件的改善等方面上。近年来,随着国家对高等教育领域拨款规模的逐渐扩大,对高校内部财政专项资金(包括中央财政拨款、地方财政拨款、学校自筹资金)的管理工作也提出了更高的要求。但由于我国高校财政专项资金的管理工作起步较晚,在管理控制体系的精细化和规范化方面还尚有欠缺,时常会出现项目预算规划不严谨、项目资金使用范围模糊、项目执行效率差、项目监督体系不完整、项目绩效考评流于形式等问题。如何规范高校财政专项资金的管理工作,真正意义上地提升执行人员的工作效率和完善监督体系建设,是现在政府相关部门和高校财政专项项目负责人应当密切关注的问题。本文以内部控制相关理论为基础,对于X高校的中央财政支持地方高校改革发展专项项目进入深度分析,从高校基本情况、近几年项目资金情况、管理机构设置和管理流程等几个方面阐述其管理工作的现状。从内部控制五要素角度即控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督等五个方面阐述财政专项资金管理流程中出现的问题,并深入分析问题产生的原因,然后针对性提出优化财政专项资金管理工作的建议。提出对于高校财政专项资金管理工作的改善,要注重宏观和微观相结合、内部和外部相结合:既要注重高校本身内部控制体系的建设,也要加强上级主管部门和财政部门对其管理控制活动的指导和监督工作,相辅相成才能达到理想的效果。