雀形目是鸟纲中最大的类群，其种类繁多、形态多样、分布广泛。目前，雀形目的单系已得到确认，但其内部的系统发育关系存在着较大的争议。相对于核基因组而言，脊椎动物线粒体基因组在进行系统发育分析时具有如下优势：分子量小、基因排列紧密、没有基因重复现象、严格的母系遗传、无组织特异性和进化速率快等，因此，线粒体DNA已被广泛作为分子标记用于脊椎动物系统发育关系的研究。本研究通过LA-PCR（Long and accurate polymerase chain reaction）和巢式PCR（nested PCR）等技术克隆并测定了椋鸟科（丝光椋鸟Sturnus sericeus、灰椋鸟Sturnus cineraceus、八哥Acridotheres cristatellus、家八哥Acridotherestristis、黑领椋鸟Gracupica nigricollis、鹩哥Gracula religiosa）、百灵科（云雀Alauda arvensis）、雀科（树麻雀Passer montanus）、燕雀科（燕雀Fringillamontifringilla）、相思鸟科（画眉Garrulax canorus）、黄鹂科（黑枕黄鹂Orioluschinensis）、伯劳科（灰背伯劳Lanius tephronotus）和山椒鸟科（长尾山椒鸟Pericrocotus ethologus）共8个科13个物种的线粒体全基因组序列。基于我们所获得的序列，结合GenBank中已释放的其他鸟类线粒体全基因组序列，我们着重探讨以下问题：（1）本研究中13个雀形目物种的线粒体基因组特征；（2）基于线粒体全基因组的雀形目鸟类系统发育关系。主要的研究结果如下：1、雀形目13种鸟类的线粒体全基因组序列分析其分析结果为：（1）所研究13种鸟类的线粒体全基因组的长度范围为16803bp（O. chinensis）到17785bp（G. canorus）；（2）均包含2个rRNA基因（12S rRNA和16S rRNA）、22个tRNA基因、13个蛋白编码基因和1至2个非编码控制区（画眉和云雀含有2个非编码控制区，其余均只有1个）；（3）除了nad6基因和8个tRNA基因（包括tRNAGln, tRNAAla, tRNAAsn, tRNACys,tRNATyr, tRNASer（UCN）, tRNAPro和tRNAGlu）在轻链上编码外，其余均在重链上编码；（4）线粒体控制区有3种类型：①只有1个控制区，如椋鸟科的6个物种、长尾山椒鸟、灰背伯劳、树麻雀、燕雀和黑枕黄鹂；②有2个相似度很高的控制区（CR1+CR2），如画眉；③有2个具有高度异质性的非编码控制区，如云雀。（5）基因组结构、碱基组成以及密码子使用等特征均与雀形目其他已报道的物种相似；（6）所有tRNA基因均能折叠成典型的三叶草结构；（7）根据序列比对结果，推测树麻雀和灰背伯劳的cox2基因的终止密码子为CAA。2、基于线粒体全基因组的雀形目鸟类系统发育关系本研究中，我们利用所得到的13个物种的线粒体全基因组序列，结合GenBank中已释放的雀形目62个物种的线粒体全基因组序列，共75个物种作为内类群，以鴷形目（Piciformes）和佛法僧目（Coraciiformes）各2个物种作为外类群，进行系统发育分析。基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列和氨基酸序列，用最大简约法（MP）、贝叶斯法（BI）和最大似然法（ML）分别构建了雀形目鸟类的系统发育树。分析结果为：（1）支持雀形目为单系类群；（2）支持将山雀科（Paridae）从莺总科（Sylvioidea）中分离出来，并归属于鹟总科（Musicicapoidea）；（3）认为鹟总科（Musicicapoidea）中的鹟科（Muscicapidae）不是一个单系类群；（4）鹟总科（Musicicapoidea）中的鸲鶲科（Petroicidae）处于燕雀小目（Passerida）的基部；（5）支持鸦小目（Corvida）是一个并系类群，而非单系。