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笃斯越桔为杜鹃花科越桔属多年生落叶灌木,果实富含花青素和黄酮类物质,有很高的营养价值和经济价值。本研究以笃斯成熟果实为材料,利用高通量测序技术进行转录组测序,利用MISA软件设计引物,合成引物后,筛选出具有多态性的引物,对10个不同野生居群的80个笃斯越桔样本进行种质资源多样性的研究,得出结论如下:1.对笃斯越桔转录组数据进行SSR分析,利用MISA软件对1kb以上的Unigenes 进行SSR分析,共获得SSR位点10264个,包括单碱基重复3135个,二碱基重复5485个,三碱基重复1554个,四碱基重复67个,五碱基重复8个,六碱基重复15个。二核苷酸中,AG/CT 比例最高;三核苷酸重复中,AAG/CTT比例最高。2.设计并合成了 210对引物,以来自不同野生居群的5个样本为材料,筛选出25对具有较强多态性的引物,多态性百分率为11.9%。从中选取16对多态引物对10个野生居群共80个笃斯越桔样本进行遗传多样性研究。3.16对多态引物在80个笃斯越桔样本中共扩增出165个多态条带,大小在164-299bp之间,平均每个引物可检测到10.3个多态性条带,引物VUSSR209扩增多态性条带数最多为14个,引物VUSSR195最少为5个。平均有效等位基因数(Ne)为1.2160。Nei’s基因多样性指数(H)的范围是0.0862-0.2217,平均值为0.1473.Shannon’s信息指数(I)的范围是0.1630-0.3426,平均值为0.2529。笃斯越桔的遗传相似性系数平均为0.97。4.在10个野生居群内,H居群内部多态性最低,C居群最高。C居群与E居群亲缘关系最近。笃斯越桔UPGMA聚类分析中,10个野生居群聚为五大类,其中H与J居群各自聚为一类,与其他聚群存在差异。总体来说,利用SSR标记分析笃斯越桔种群内部遗传多样性,种群间及内部的遗传多样性较低。区分出H、J居群与其他居群的差异,但其他居群及各种质之间的差异较小。