与抗原呈递相关转运体(transporter associated with antigen processing, TAP)在抗原呈递进程中起着至关重要的作用,它将蛋白酶降解产生的肽类从细胞质里转运到内质网腔中。近来越来越多的研究证实其与多种慢性感染疾病、自身免疫疾病等有很强的关联。尽管如此,但是由于其实验数据的缺乏,仍然有很多问题亟待解决,如TAP蛋白质的具体构象,在转运抗原肽过程中信号传导与转运机制等。本文采用拉伸分子动力学(steered molecular dynamics, SMD)模拟抗原肽与TAP相互作用,通过在抗原肽上施加虚拟牵引力,使抗原肽通过TAP形成的转运通道。在模拟过程中,由于通道结构的不规则性以及抗原肽和TAP拉伸过程中的相互作用,故不能采用固定方向的拉伸模式,所以本文采用了选取最优化方向来实现拉伸过程。经过1483ps时间的SMD模拟,抗原肽顺利穿过了TAP分子,到达内质网腔,完成了转运过程。根据模拟过程中体系均方根偏差(Root Mean Square Deviation, RMSD)、均方根波动(Root Mean Square Fluctuation, RMSF)和特殊氨基酸位置的变化,分析模拟过程中的结构变化,得到以下结论：经过SMD模拟,由于抗原肽与TAP的相互作用,膜蛋白TAP分子面向细胞质的开口变小,而面向内质网的开口变大。