本论文共包括三个部分:　　 1.介绍了系统发育基因组学(phylogenomics)的概念,优势及初步应用和劳亚兽总目(Laurasiathefia)内系统发育关系的不确定性。　　 2.介绍了“直系同源基因”,以及前人筛选系统发育基因组学新标记的一些方法,分析了这些方法的优点和不足之处。然后提出了哺乳动物直系同源标记数据库(Orthologous Mammalian Markers,OrthoMaM),该数据库能为系统发育基因组学分析提供大量可用的标记。　　 3.从OrthoMaM中获得了447个锚定标记,并且对每个标记设计引物。其中122对引物能够在劳亚兽总目的19个代表种中通过PCR有效扩增出来。进而随机选取了8个标记来测序进行系统发育关系和进化速率分析。单个基因的基因树在一定程度上解决了问题,但是基因树的拓扑结构相互冲突。用"supermatrix"和"supertree"方法构成的系统发育树具有相似的拓扑结构。结果显示:劳亚兽总目是由三个主要类群鲸偶蹄目(Cetartiodactyla),Pegasoferae组群和真盲缺目(Eulipotyphla)组成,并且鲸偶蹄目的单系性被很高的自展值(100),贝叶斯后验概率(1.0),和超树特异性简约性支持(rQS,reducedqualitative support)指数(-0.333)所支持。这个结果与目前一些哺乳动物分子系统学研究相吻合。另外本研究还揭示了谱系之间的进化速率的差异。刺猬(真盲缺目)的同义突变是鲸偶蹄目和Pegasoferae组群的六倍,刺猬的枝长比Pegasoferae组群的长18％,比鲸偶蹄目长30％。这个结果表明刺猬可能具有更快的分子钟。同时本研究还暗示了同义和非同义替代是由不同的生活史特征决定的。