科学技术是第一生产力。创新是当代经济发展的主题，是区域经济长期可持续发展的重要手段。创新是经济增长的内在要素，经济增长理论中的增长计算理论揭示了技术创新在经济增长中的作用。本文以区域创新理论为依据，在评述国内外有关创新系统理论与实证分析的基础上，通过数据包络分析，从区域创新环境和区域创新网络两个角度来分析我国某些地区区域创新系统失效的原因。在创新活动中存在着市场失效和系统失灵两种影响创新系统绩效的原因。在我国，市场失效主要是由于创新环境不完善造成的，而系统失灵的原因是由于创新网络不健全、创新系统中的核心要素之间的联系不紧导致的，这些都严重阻碍了各地区创新能力的提高，所以提高区域创新系统运行绩效的关键就是要建立完善的创新环境和营造健全的创新网络。为了深入研究创新失效的原因和对策，本文运用数据包络分析方法，提出区域创新有效性分析的指标体系，并且根据03、04年的数据，运用运筹学软件lingo对我国31个省市自治区的区域创新有效性进行了分析。通过评价的结果，我们可以得到中国各个地区创新系统绩效总体的情况，并以山东省为例，详细分析了山东省创新系统运行绩效的各个指标。在文章的最后根据分析的结果，提出了区域创新政策体系的基本框架和一些政策建议。