随着经济的发展，研发活动越来越受企业的重视，跨国公司的研发活动国际化进程开始渗入发达国家之外的发展中国家，中国和印度逐渐成为吸引跨国公司R&D投资的两个热点地区。跨国公司在华建立R&D机构给我国带来了许多正面效应，这种行为形成了技术溢出效应，有益于提升我国的技术创新能力，而且跨国公司在华R&D投资呈现出区位分布不均的特点，因而研究影响跨国公司研发投资的区位选择决定因素具有重要的意义。本文基于2004-2008年26个省级行政区的数据，选取了八个可能影响跨国公司在华R&D投资区位选择的因素，进行单变量回归分析、多变量因素回归分析，并结合相关变量的经济学内涵分析各个解释变量对跨国公司研发投资的影响。本文的主要结论有：我国各省市实际利用外资额、科技人才的供应、知识产权保护力度、市场化改革程度及跨国公司对东道地区的市场渗入程度等因素起到决定性作用，且这些因素对跨国公司R&D投资的流入有显著的正向关系；跨国公司当前的研发投入深受其过去研发投入的影响；在这六个决定性因素中，东道地区的实际利用外资额、科技人才的供应、知识产权的保护力度和跨国公司以往的研发投资规模是更具有影响力度的决定性因素；东道地区的市场规模和政府对科技的财政支出对跨国公司研发投入没有起到决定性作用。在实证分析的基础上，本文对我国应如何正确引导和吸引跨国公司研发投资，缩小地区研发投资差异提出五点政策建议：加强知识产权保护的力度；重视科技人才的培养；改善跨国公司R&D投资的政策环境；改善高科技园区的基础环境；完善R&D服务体系。