20世纪90年代以来，国际金融市场危机四起，动荡不定，发生了一系列重大国际金融事件，如墨西哥、东南亚金融危机以及英巴林银行的破产等。这些事件的发生几乎都是银行内部控制制度不健全或存在缺陷而导致的。 对于刚诞生的农村合作银行来说，最大的发展“瓶颈”就是低素质的人力资源，这也必然导致不健全的内部控制现状，因此基于人力资源的内部控制研究更显紧迫性。本文在参考外国商业银行成熟规范的内部控制和立足于农村合作银行知识企业的低素质人力资源现状的基础上，从专有知识的隐性化以及契约的不完全的视角，阐释信息不对称造成的农村合作银行“内部人控制”常态。正是这一常态，给机会主义倾向的内部管理层和员工在提供金融服务时窃取不合法利益，损害出资者和存款人利益。要控制这些内部人员的违规行为，必须要从激励制度和监督制度两方面去完善。因此，本文从人力资本产权(正式契约)论证员工享有银行部分控制权和剩余索取权的必要性；从心理契约角度强调人力资源管理中满足员工心理契约的激励功能；然后用博弈模型验证在完善的内部控制体系下管理层与员工控制与违规的策略均衡过程，进一步证实了内部控制的激励机制与监督系统双重构建的必要性。最后，提出构建以人为本的内部控制所缺一不可的三个运行体系：首先是人性化的人力资源管理体系；其次是健全的内部控制机制，该机制包含以下要素：完善的公司治理机制、健全的授信系统、灵敏的风险监测系统、变内隐性知识为外显化的信息系统、高度独立的稽核系统、现代化的内部控制文化。然后是高效的外部监管与市场约束体系。