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大黄鱼（Pseudosciaena crocea）隶属鲈形目、石首鱼科、黄鱼属，是我国重要的海水网箱养殖鱼类。因浙江养殖海区冬季水温较低，每年有大黄鱼被冻死，养殖户每年或多或少有经济损失。为此，项目组成员通过人工选育获得了耐低温能力强的大黄鱼“东海1号”。本研究针对该大黄鱼选育群体进行遗传多样性分析和耐低温相关分子标记筛选，以及克隆耐低温基因CIRP并分析其在低温胁迫下的组织表达情况。遗传多样性分析表明，选育群体的平均观测杂合度、平均期望杂合度和多态信息含量分别为0.681、0.657和0.596，表明其遗传多样性较高，具备进一步遗传育种的潜力，但应给与保护，避免遗传多样性进一步丢失。选育群体中两个不同低温耐受群体的平均等位基因数为4.454~4.546，平均观测杂合度为0.677~0.685，平均期望杂合度为0.653~0.661，多态信息含量为0.591~0.601，两个群体间的遗传多样性水平相当，表明耐低温性状差异可能不会导致群体间的遗传分化。微卫星分析结果显示，标记KPC43在选育群体的2组大黄鱼样品中扩增出2个差异显著的等位基因（片段大小分别为170bp和150bp），其中KPC43170bp差异等位基因在低温耐受组中出现的频率显著高于低温敏感组，与耐低温性状存在极显著的正相关（P<0.01），相关系数达到0.498**；KPC43150bp差异等位基因在低温敏感组中出现的频率显著高于低温耐受组，与耐低温性状存在极显著负相关（P<0.01），相关系数达到-0.417**。表明这2个差异等位基因可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系。对这2个差异等位基因进行序列比对发现KPC43170bp在核心序列位置比KPC43150bp多了10个（TG）重复，由此推测可能是不耐低温个体（TG）重复次数较少而影响了某个耐低温基因的表达活性，从而影响其耐低温能力。基因克隆结果显示，大黄鱼CIRP基因cDNA序列全长1211bp（含polyA尾），含一个较小的开放阅读框，编码182个氨基酸。RT-PCR结果表明，CIRP基因在大黄鱼多种组织中均有表达，在肝、肾、脑、肌肉等组织中表达较高，在鳃和肠中表达量较低。qRT-PCR结果表明，大黄鱼各组织CIRP表达量随着低温时间延长而上调，初期（0.5h）变化不明显，4h时表达量达到顶峰，且与对照组有显著差异（P<0.05），表明大黄鱼CIRP基因与低温具有一定的关系。以上研究结果为大黄鱼耐低温新品种选育提供了理论依据，并为进一步选育更耐低温新品种提供了参考资料。