随着公司法实践的深入,实务中逐渐涌现出涉及公司章程的纠纷。其中公司章程与发起人协议因对同一法律问题的规定不同而引起的纠纷更为甚,一方当事人以发起人协议规定的内容起诉,主张尊重发起人的真实意思,另一方当事人则依公司章程的规定应诉,以公司章程的地位、性质抗辩。加之我国公司立法上的疏漏其并未对涉及公司章程与发起人协议冲突时适用选择的相关问题进行规定,学术界也鲜有提及。立法上的缺漏以及理论上的匮乏致使法官在司法实践中处理公司章程与发起人协议冲突适用选择的问题时没有可遵循的裁判标准,“同案不同判”的现象时有发生,以致不能形成有力的判决。本文主要以三起发起人协议纠纷案为例,以例案一“邓某诉冯某发起人协议纠纷案”为重点研究对象,通过对例案争论的焦点提炼出本文待探讨的法理问题。主要探讨了公司章程和发起人协议的性质、效力问题。在透彻分析前者的基础之上讨论了公司章程和发起人协议冲突时的适用选择的问题,并提出了笔者的观点。笔者认为讨论公司章程的性质问题应该成为讨论二者冲突时适用选择问题的逻辑起点,公司章程兼具“契约性”和“自治法”的双重属性,其既是股东意思表示一致的产物,又需要国家强制法的规制和认可,两者缺一不可。基于公司章程与发起人协议在性质、效力期间、效力范围上的诸多差异,笔者认为当二者发生冲突时不应一概而论直接以公司章程为准,而应考虑二者冲突时的内容,因为冲突的内容不同所涉及的法律关系不同,因而作出的选择也不同。最后对例案的研究结论做一个总结,并透过例案得到启示,在立法上、司法实践中、公司实务操作上提出建议以期可以缓和二者之间的冲突。