伴随着复杂多变的国际形势和国内全面深化改革进程中的诸多难题,单靠体制内的智库(各级社科院、政策研究室、党校等)已经不能完全满足政府日益增多的决策信息需求,政府在制定公共政策时需要更加精准、科学、系统的信息支撑。民间智库扎根民间,能够更多地接触社会底层群体,收集来自民众的利益诉求,是对官方、大学下属型智库的很好补充。研究我国民间智库运行机制是顺应行政决策民主化、科学化和规范化发展的必然要求,同时也有利于促进民间智库的良性发展。本文以运行机制为切入点,紧紧围绕运行机制的五个方面,通过与美国民间智库运行机制作比较,发现我国民间智库的组织结构、筹资方式、人员管理、成果转化以及外部关系都不同程度的存在问题,而思想市场滞后、现有决策体制制约、法律地位不明确、传统官本位思想文化影响以及专业化分工水平低是导致问题产生的重要原因。中国(海南)改革发展研究院作为我国民间智库的佼佼者,其运行机制和发展经验对我国民间智库的成长和发展有很好的借鉴意义,本文以中改院为个案研究,结合美国民间智库运行机制的启示,提出了优化我国民间智库组织结构、完善筹资方式、探索适合我国的“旋转门”、健全成果转化体系以及创造良好的外部关系五点对策建议。