为评估海洋有毒赤潮微藻对生态系统的影响，使用培养的产毒微藻作用于海岸底泥，利用Illumina Miseq高通量测序平台进行细菌16S rRNA测序，首次分析比较了产毒的网状原角藻（Protoceratium reticulate）、利玛原甲藻（Prorocentrum lima）、微小亚历山大藻（Alexandrium minutum）对海洋微生物细菌群落结构组成和多样性的作用影响. 结果表明：金藻实验组的细菌群落多样性（Chao1、ACE、Shannon）指数最大，利玛原甲藻最小。海岸底泥系统中6个优势细菌门是变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、浮霉菌门（Planctomycetes）、绿弯菌门（Chlorofexi）、放线菌门（Actinobcteria）；金藻和海水实验组的细菌在门、纲、目、科、属、种6个分类水平上都具有较高的类群数；利玛原甲藻实验组在除种和属以外的4个分类水平上，都具有最低类群数. 因此，有毒赤潮微藻及其毒素对于微生态细菌可能具有毒性作用，影响其周围生境中细菌群落结构及其多样性.；本研究结果从微生态角度评价有毒微藻及藻毒素的作用影响，可为全面了解有害藻华及有毒微藻对海洋生态系统的潜在危害提供基础.