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自主创新能力作为一个系统层次的概念，成为区域发展差异的构成因素。自主创新强调创新主体为实现自益性而对创新结果的自发追求，带有创新本身强烈的功利性，由此具有不稳定性。自主创新能力表现多元创新主体对创新的主动追求意识及对创新收益的主导能力。区域自主创新能力是对区域创新不稳定性加以过滤的介质。自主创新能力特征的识别有助于为各区域特色自主创新能力路径研究奠定基础。