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西瓜生产中的一个重要技术问题是如何解决因连作而发生枯萎病（蔓枯病），因这种病害能造成大量植株枯萎、死亡而严重减产。西瓜枯萎病的病原菌可在土壤中存活多年，土壤中病菌浓度会逐年提高，以致引起病害大发生。所以，解决西瓜枯萎病问题是设施栽培成功的技术关键。目前，最成功和最有效解决该病的方法是采用嫁接育苗技术，利用抗病砧木的根系取代西瓜的根系，从而达到常年连作栽培的目的。这一技术最早在国外应用。国内80年代以来也随西瓜保护地栽培的发展而迅速推广普及。