后来慈安太后钮祜禄氏去世，恭亲王失势，慈禧太后把控清廷大权，后独揽朝政局面长达48年之久。其间，整个大清帝国民生凋敝，又饱受列强凌辱，曾辉煌一时的清王朝，由此逐渐走向衰落与灭亡。

咸丰皇帝病逝留下托孤遗诏

　　咸丰皇帝爱新觉罗·奕詝是清朝第九位皇帝，其在位11年间，清王朝饱受内忧外患，内有太平天国运动和捻军起义，外有英法联军入侵。此间，清廷签署了丧权辱国的《天津条约》《北京条约》；举世闻名的圆明园也在被洗劫之后，又惨遭焚毁。
　　咸丰六年（1856年），第二次鸦片战争爆发，四年后英法联军逼近北京城，咸丰皇帝带着皇后钮祜禄氏（后来的慈安太后）、懿贵妃叶赫那拉氏（后来的慈禧太后）以及一班亲信，匆忙逃往热河行宫（即承德避暑山庄），留下恭亲王奕訢向侵略者求和。
　　咸丰十一年（1861年）七月十六日，病危的咸丰皇帝立下遗嘱：立六岁独子爱新觉罗·载淳为皇太子，任命怡亲王载垣、郑亲王端华、大学士肃顺、额驸景寿以及四位军机大臣等八人为“赞襄政务大臣”，俗称“八大臣”；鉴于康熙初年曾出现辅政大臣鳌拜专权的先例，咸丰帝将“御赏”玺赐给皇后，“同道堂”玺交给皇太子载淳，但基于太子年纪尚幼，则由其生母懿贵妃代管，辅政大臣所拟上谕必须加盖这两方印章才能奏效。由此一来，皇后、懿贵妃以及八位赞襄政务大臣，将联合辅佐载淳，互相牵制，以避免专政。

　　七月十七日，咸丰帝病逝。次日，咸丰帝入殓后，载淳以同治皇帝之名义，尊皇后钮祜禄氏为母后皇太后，尊懿贵妃叶赫纳拉氏为圣母皇太后。然“而，咸丰皇帝没想到的是，其临终前思虑再三而设立的“八大臣”托孤体制，本是为了制衡权力，却在自己去世后不久就瓦解，并引发了一场巨大政变。这场政变不仅使国家的权力运行机制发生改变，更改变了近代中国的历史走向。“八大臣”、两宫太后、恭亲王三方势力明争暗斗，在清廷掀起了巨大波澜。

叔嫂”密谋清廷一夜变天

　　咸丰十一年（1861年）八月一日，恭亲王获准赶至热河行宫，叩谒咸丰皇帝的梓宫（即棺材）。相传在此期间，恭亲王曾化妆成萨满，在行宫面见了两宫太后，密定政变计策，并确定于其返京后即刻发动。

　　为确保政变顺利，恭亲王做了周密的布置：取得北方清军两大统帅的支持；重组成以自己为首的中央政权，以从声望和资历上压制“八大臣”；营造舆论声势，部署亲信大臣陆续上奏“垂帘听政”之建议，并拟好相应谕旨，以便随时发布；处理外交夷务，确保英法联军从中国沿海地区撤军；维持社会秩序，布置救济饥民事宜，保证北京社会稳定……凭借着自己的政治势力及缜密的心思，恭亲王在政变前抢夺先机。然而，“八大臣”毕竟是由咸丰皇帝亲自任命，八人在官场上都有深厚的人脉，实力不容小觑。
　　一场你死我活的权力之争，正蓄势待发。
　　咸丰十一年（1861年）九月二十三日，咸丰皇帝梓宫从承德起灵驾返京。两宫太后和同治皇帝一行，以皇帝年龄小、两太后为年轻妇道人家为借口，与皇帝梓宫兵分两路回京。二十九日，同治皇帝和两宫太后一行因走小路捷径，所以比灵驾提前四天抵达京城。紧接着，两宫皇太后便在大内召见恭亲王等人。
　　九月三十日，发动政变。慈禧太后及恭亲王以迅雷不及掩耳之势，处置了“八大臣”：将英法联军入侵北京、圆明园被焚掠、皇都百姓受惊、咸丰皇帝被迫出巡等时间的政治责任，全扣到“八大臣”头上。慈禧太后及恭亲王二人，之所以要迫不及待地处理“八大臣”，是因为载淳将于十月九日正式举行登基大典，届时不仅普天同庆，还会大赦囚犯。如果拖到那个时候再处理，不仅与喜庆的气氛不符，还会因诛杀先朝大臣，使新帝遭受非议，不利于稳定根基。
　　十月一日，恭亲王奕訢被任命为议政王、军机大臣，大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝鋆、文祥则被任命为军机大臣。随后，军机大臣文祥奏请两宫皇太后垂帘听政。三日，皇帝梓宫至京。五日，更改年号“祺祥”为“同治”。六日，慈禧、奕訢給“八大臣”拟定了以下罪名：矫诏自命、结党犯上、挑拨离间、擅用御物、违抗命令，诏赐载垣、端华在宗人府自尽，肃顺处斩，罢去景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐官职。 　　十月九日，载淳在太和殿继皇帝位。

太后垂帘听政清朝走向灭亡

　　十一月一日，两宫太后正式在养心殿实行垂帘听政，二人之座与同治帝的宝座，仅有一张黄幔之隔。后来，为使垂帘听政更具合法性，奕訢等人还特意制定了《垂帘章程》。
　　执政初期，同治帝和两宫太后在议政王奕訢的辅佐下，整饬吏治，重用曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉族地主武装；又在列强的支持下，先后镇压了太平天国、捻军、苗民等起义，缓解了清廷的统治危机，使清王朝得到暂时稳定。
　　事实上，相较于前后两朝，同治时期是清朝末期为数不多的“好时机”：对内，处于“太平天国”与“义和团”两次重大社会动荡之间，对外，处于英法联军与八国联军两次入侵之间，这就如同处在两次大风暴中间的缓冲期。因此，同治帝继位不久，便开始推行“同治新政”，即“洋务运动”，清廷迎来了短暂的改革和开放。
　　“同治新政”的重要措施包括：设立总理衙门、指派朝廷官员出国考察、设立同文馆、选派留学生出国学习西方文化以及兴办近代军工厂。纵观同治时期的新政，无论是在清朝还是在中国古代历史上都是第一次，客观上促进了中国近代化的进程。
　　然而，好景不长。同治十三年（1875年）一月，同治帝病逝。因无子嗣继位，慈禧太后立同治帝年幼的叔伯兄弟载湉为帝，改年号为“光绪”，两宫太后垂帘听政再次得逞。光绪七年（1881年）三月十日，慈安太后暴崩于钟粹宫。光绪十年（1884年），慈禧太后发动“甲申易枢”罢免议政王奕訢，慈禧太后开始独揽清朝大权。

　　光绪十五年（1889年），光绪帝成年亲政，慈禧太后退隐颐和园。光绪二十年（1894年），醇亲王爱新觉罗·奕譞以慈禧六十寿辰拟在颐和园举行盛大庆典为由，挪海军经费，缮修颐和园，布置景点，广收贡献。这一年，适逢日本发动中日甲午战争。光绪主战，慈禧也主战，并说“不准有示弱语”。但是，当有人提出停止颐和园工程，停办景点，移作军费的时候，慈禧却大发雷霆，说出了“今日令吾不欢者，吾亦将令彼终生不欢”的荒唐话。慈禧太后的爱慕荣华、肆意妄为让中国陷入生死存亡的危机中，最终甲午战争失败，签订了中国历史上空前屈辱的《马关条约》。
　　甲午战争失败后，列强掀起瓜分中国狂潮。为了救亡图存，资产阶级改良派发起“维新变法”，史称“戊戌变法”。对于变法，慈禧希望国家变得强大但又担心光绪会借变法脱离她的控制，最初她表示支持，但随后又把军权和用人权都紧握在自己手中。相传，光绪帝曾让袁世凯派兵包围圆明园欲杀太后，慈禧等人便发动了“戊戌政变”，囚禁光绪帝，处斩“戊戌六君子”。此后，慈禧再度训政十年，美其名曰“慈恩训政”。
　　慈禧太后晚年训政时期，中国北方爆发义和团运动，慈禧在剿灭镇压失败后希望利用义和团对抗列强，并对列强宣战，但是八国联军没有停止攻击。光绪二十六年（1900年），八国联军攻入北京，慈禧带着光绪帝、皇后叶赫那拉·静芬等人逃往西安，令奕劻、李鸿章为全权大臣，与列强进行谈判，将战争的责任推到义和团身上。同年9月7日，清廷与11个帝国主义国家签订了《辛丑条约》。
　　光绪三十四年（1908年）十一月十四日，光绪帝驾崩，大行皇帝无嗣，年已73的慈禧立醇亲王载沣为摄政王，其三岁幼子溥仪为帝，年号“宣统”，慈禧被尊为“太皇太后”。次日，慈禧太后在仪鸾殿病逝，享年74歲，结束了长达48年的垂帘听政。至此，曾经辉煌的清朝受尽内忧外患的摧残，走向了灭亡。