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三层架构是在客户与服务器之间加入了一个业务逻辑层，将复杂的商业逻辑从传统的双层结构应用模式中分离出来。利用一些防护手段来进行安全防护，但是入侵或攻击者可以通过一些公共端口或是内网来入侵内部PC或者其他安全性很低的终端，并使其成为入侵一个企业web站点的桥梁，因此为了保障企业或机构的web服务安全，不仅要考虑web站点本身编程应注意避免的漏洞；还要注意网络服务设备软件、硬件的必要安全设置；以及对于内部网络的安全管理。