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依托大量的水文地质调查、水化学样品分析等数据，结合遥感、“C测年、水监测等多种手段对九寨沟核心景区水循环系统进行分析研究，将研究区分为日则沟、则查洼沟、树正沟、丹祖沟四个水文分系统。区内气候和降水呈周期性变化，岩石和地质构造稳定。总体上，水的转化主要通过跨流域（沟谷）补给和沟内纵向转化两个途径，并且沟内核心景观都处在青年期和壮年期，现处于相对稳定状态。