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以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象，对线粒体COI、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析，并计算了属间和科间遗传距离；利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示，石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征；石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离，而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离；在系统发育树中，分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别，暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。