利用29个微卫星DNA标记对来自中国的红原鸡Gallus gallus spadiceus亚种和来自泰国的红原鸡Gallus gallus gallus亚种进行遗传多样性分析,评估亚种内的遗传变异和亚种间的遗传分化,结果表明:共检测到168个等位基因,每个位点的等位基因数从2到13不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.5780和0.53。中国和泰国红原鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为3.79和4.79,平均基因杂合度为0.5379和0.6385,两个红原鸡亚种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。群体分化系数为19.4%(P<0.01),两个红原鸡亚种间的Reynolds’遗传距离和Nm值分别为0.157和1.040。由此可见,Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallu sgallus亚种群体具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,并不能将其认定为是同一亚种,这也为中国家鸡具有独立的起源提供了一定的佐证。