为探究滇黄精叶绿体基因组中密码子的使用偏性与使用模式，本研究以滇黄精叶绿体基因组52个蛋白质编码序列（coding sequences， CDS）为对象，通过使用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序、SPSS在线程序、Excel等软件对其进行了分析。结果表明，52条CDS的有效密码子数（effective number of codon， ENC）的平均值为48.13，偏性较弱。相对同义密码子使用度（relative synonymous codon usage， RSCU）＞1的密码子有29个，均是以A/U结尾，表明其更偏向于使用以A/U结尾的密码子。GC1、GC2均与GC3存在显著差异性，表明第一、二位碱基与第三位碱基的组成存在一定区别；同时，GC3与ENC呈极显著相关性，表明它对密码子的使用偏性存在影响。通过中性绘图、ENC-plot、PR2-plot、对应性分析发现自然选择可能在滇黄精叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥重要作用，同时突变压力、碱基组成等其他因素对其也有一定影响。经过筛选得到11个最优密码子，包括UUU、CUU、UAU、CAU、CAA、UCA、CCA、ACA、AAU、GAU、GGA。本研究筛选了滇黄精的最优密码子，揭示了影响其偏好性的主要因素，为滇黄精叶绿体基因工程，改良外源基因提供了一定理论基础。