单细胞RNA-seq数据缺失元素补全算法

来源 :吉林大学学报:理学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：zy3201869

【摘要】

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基于非负矩阵分解模型,提出一种新的数据补全算法.该算法通过循环遍历确定最佳构造矩阵和rank值,解决了单细胞转录组测序(RNA-seq)数据中存在缺失值的问题,避免了由于单细胞

【作者】

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崔璐刘桂锋

【机构】

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吉林大学中日联谊医院医疗保险管理部,吉林大学中日联谊医院放射线科

【出处】

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吉林大学学报:理学版

【发表日期】

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2020年5期

【关键词】

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单细胞RNA-seq数据缺失元素非负矩阵分解 single cell RNA-seq datamissing elementnonnegative matr

【基金项目】

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国家自然科学基金(批准号:21475126,80151459),吉林省科技发展计划项目(批准号:20190701052GH),吴阶平医学基金会项目(批准号:32067501908940).

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基于非负矩阵分解模型,提出一种新的数据补全算法.该算法通过循环遍历确定最佳构造矩阵和rank值,解决了单细胞转录组测序(RNA-seq)数据中存在缺失值的问题,避免了由于单细胞测序深度不足对细胞分型分析的影响.在慢性粒细胞白血病单细胞测序数据上的实验结果表明,由补全算法恢复缺失值后的细胞分型更清晰,验证了该算法的有效性.

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