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针对舰载多天线系统电磁兼容性（EMC）分析计算量大、耗时过长问题，提出了自动分层的多层快速多极子方法（MLFMA）。采用BiCGStab（Z）结合近场预条件方法进行求解，进一步提高了MLFMA的综合效率。为了分析天线间的近场耦合特性，运用微波网络理论结合互易定理给出了任意天线间的隔离度表达式。计算并分析了尺度与真实尺寸相当的某舰船模型上多根超短波天线的辐射方向图和天线间的隔离度。数值结果表明算法准确有效，并且对于电大运载平台中天线布局优化具有一定的指导意义。