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在反刍动物瘤胃内栖息着复杂、多样、非致病的各种微生物．包括瘤胃细菌、厌氧真菌和纤毛虫等原生动物．还有少量噬菌体。幼畜出生前，其消化道内并无微生物．出生后从母体和环境中接触各种微生物．但是经过选择，只有少数微生物能在消化道定植、存活和繁殖．并随着幼畜的生长和发育，形成特定的微生物区系。因此，反刍动物瘤胃选择了其特定的微生物区系．这些微生物选择了瘤胃的环境，这种选择最典型的例子是只有反刍动物和单胃草食动物消化道才有厌氧真菌。