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目前在一般信息化基础条件平台建设项目中，建设标准和运维规范都已经比较成熟，但在涉密信息系统的建设及后期运维等管理工作，特别是涉密信息系统安全保密管理制度制定工作中，还有很多发展空间。本文从科研院所实际出发，结合国家相关标准，针对制定涉密信息系统安全保密管理制度中的重点、难点问题进行了分析，并提出解决思路。