18种苔藓植物rbcL基因的密码子偏性及聚类分析

来源 :山西农业大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：xiestephen

【摘要】

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[目的]以18种具有代表性的苔藓植物的叶绿体rbcL基因为研究对象,利用生物信息学方法探究其碱基组成及密码子使用特征,并用不同方法进行聚类分析。[方法]运用密码子偏性分析软

【作者】

：

张家榕雷万钧

【机构】

：

山西农业大学生命科学学院

【出处】

：

山西农业大学学报:自然科学版

【发表日期】

：

2020年6期

【关键词】

：

RBCL基因苔藓植物密码子使用偏好聚类分析 rbcL geneBryophytaCodon usage biasCluster analysis

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[目的]以18种具有代表性的苔藓植物的叶绿体rbcL基因为研究对象,利用生物信息学方法探究其碱基组成及密码子使用特征,并用不同方法进行聚类分析。[方法]运用密码子偏性分析软件Codon W 1.4.2、碱基组成分析软件DNA star及EMBOSS的CUSP程序探究18种苔藓植物的密码子使用特征,用EBI的Clustal W模块和SPSS分别基于蛋白编码区(Codoning DNA sequence,CDS)核酸序列和同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,R

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