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β-环糊精对丹皮酚和其异构体具有明显的分子识别能力,其复合物的构象也可以极大提高其溶解能力.为了调查3个异构体和β-环糊精之间的结合模式以及相互作用,进行了分子对接和分子动力学模拟计算.采用拉马克遗传算法进行复合物可能的构象搜索,采用分子动力学评估了对接结果.对接结果分析表明3个异构体的羟基和甲氧基等的相对位置对其结合模式起到关键作用.丹皮酚(Pae)和香草乙酮(Ace)只有1个稳定的结合方式,计算结果和1H-NMR预测的一致.而2-羟基-5-甲氧基苯乙酮(Hma)和β-环糊精的可能的作用方式都不稳定.主客体之间主要的作用力为分子间氢键和疏水相互作用.分子对接法和分子动力学结合是预测β-环糊精和其配体复合物结构的1种简单方便的方法.