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林惠祥是中国人类学的开拓者和奠基人之一。在我国学者中，他最早系统地调查研究高山族的历史文化，最早科学地论证台湾与大陆史前族群和文化的渊源关系，在台湾民族史研究领域取得了一系列创新性成果。林惠祥的台湾民族史研究具有鲜明的人类学历史学派特色——将历史学和民族学有机结合起来，历史文献、考古资料、田野调查资料相互印证，再结合人类学的理论进行分析。他晚年受马克思主义影响甚深，积极追求民族史学的现实效用，以台湾民族史研究为维护祖国统一服务。