一、共性指标和特殊性指标的问题
　　
　　在学校教学管理和教学工作中，由于分工不同、职能不同，存在着对德、能、勤、绩等项目考评的共性指标。同时，也不能忽视岗位的能力要素、态度要素、业绩要素和团队协作要素等充分体现岗位个性和个体创造性差异的特殊性指标。对不同分工的考评对象特殊性指标量化评估后，如何整合和平衡，是不可忽视的问题。
　　比如，语文、数学教师的考核如何与音体美等科任教师平衡；教师有考核细则，工勤教辅人员、教学管理人员的考核无细则靠民意测评等等，都在拷问着考评面前人人平等的公正性。这些问题处理不好，就会导致部门横向可比性差，不同部门、不同岗位之间的计分不平衡，出现人员“干的事越多，失分的机会越多”的情况，相反工作
　　做得较少的得分倒可能排在前面，从而影响前者的工作积极性。
　　
　　二、数量和质量的问题
　　
　　数量和质量是辩证的统一体，必须坚持数量和质量并重。质量不只是一种结果，应该是一个全过程。实践中结果是很容易被变成硬指标量化的，过程的重要性越来越受到重视，但要变成硬性的量化指标却很不容易。
　　例如，业务学习笔记、听课记录等，我们检查次数、字数、文本质量是很容易的，但业务学习时教师的投入程度、学习效果，听课有没有研究的主题，听课时的用心程度，听课后悟到了什么、学到了什么、发现了什么、有怎样的提高等等至关重要的问题很难量化。再比如教师备课，文本的教案很容易划分优、良、中、差，而上课前翻阅的大量参考资料、准备的课件教具、对学情的了解与分析则很难用量化的形式体现出来。但恰恰是这些被我们忽视的或不容易量化的内容，影响甚至决定着教师备课的“实用性”。
　　
　　三、“硬”指标和“软”指标的问题
　　
　　由于目标量化考评强调“硬”指标，注重指标的数字化，但是无形的“软”指标却很难数字化评价。很多学校以教研课题的立项与结题情况评价教师的教研能力，以卷面考试成绩的量化考核代替了对教师教学质量的评定，直接导致了教研、教学管理工作只重结果、不重过程的现象发生。
　　比如：教科研活动，每个人是不是持之以恒地进行了深入的调查与研究，研究之后是不是真正用于指导和提高各自的教学工作，这些往往因为一时难于量化考核而被忽略。至于对学生养成性习惯的培养，态度、情感、价值观的培养，目前还没有科学性与可操作性并存的硬性量化考核指标。
　　四、量化考核中的问题
　　在目标量化考核的大环境下，各级领导在布置工作任务之后，往往会把工作与量化考核挂钩，而教师却关心“量化加分不”这样的问题。那些一时与量化考核挂不上钩或虽能挂上钩但不好量分的工作，落实起来会是什么样子？
　　如上所述，目标量化考评制度自身还有许多需要完善的地方，对于一时很难用目标量化的方式来评估和考核的工作过程，有许多是必须依靠教师的主动性发挥、创造性劳动去实现的。这种劳动不能用一套刻板的方法来限制，也不能用一套固定的模式来约束。