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我国主体功能区的协调发展及各区域主体功能的实现有赖于有效的宏观经济调控政策。主体功能区宏观经济调控的总体目标是实现个主体功能区基本公共服务水平均等化；引导资源要素合理向目标功能区流动，促进四类功能区协调发展；体现生态资源的多重价值，补偿为保护生态资源而产生的各区域的经济发展机会成本。并对重点开发区域、优化开发区域、限制开发区域和禁止开发区域提出不同的财政调控政策。而主体功能区金融调控政策的目标是为保证各类主体功能区建设提供金融支持，金融调控政策与主体功能区的功能定位和发展要求取得一致。