【摘 要】
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目的:探索SPRY基因家族中的单核苷酸多态性及亲源效应与中国人群非综合征型唇腭裂发病风险的关联.方法:研究基于病例-双亲设计,以2016-2018年于北京大学口腔医院募集的183个
【机 构】
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北京大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系,北京,100191北京大学口腔医学院·口腔医院,口腔颌面外科国家口腔疾病临床医学研究中心 口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室 口腔数字医学北京市重点实验室
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目的:探索SPRY基因家族中的单核苷酸多态性及亲源效应与中国人群非综合征型唇腭裂发病风险的关联.方法:研究基于病例-双亲设计,以2016-2018年于北京大学口腔医院募集的183个中国人群非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCI/P)核心家系(549人)为研究对象.利用其二代测序数据中的SPRY基因家族相关信息,展开单核苷酸多态性和亲源效应分析.该测序研究采用二阶段设计,第一阶段对24个家系进行全外显子组测序探索潜在阳性信号,第二阶段在159个家系的独立样本中对第一阶段结果进行验证.采用问卷调查收集NSCL/P患者及其父母的基本情况、患病情况、临床特征及孕期环境暴露等信息.收集患儿及其父母的血液并提取DNA进行基因检测以获取遗传信息.单核苷酸多态性分析采用传递不平衡检验,亲源效应分析采用Z检验,统计分析使用PLINK(vl.07)软件完成.第一阶段的多位点分析采用以家系为基础的序列核心关联检验方法,由R软件(v3.5.1) famSKAT-RC包完成.采用Bonferroni法对验证结果进行多重检验校正.结果:经过质量控制,第一阶段共有22个SPRY基因家族的位点纳入分析,结合位点的注释、功能预测结果及统计检验结果,纳入rs1298215244(SPRY1)和rs504122 (SPRY2)两个位点进入二阶段验证.二阶段传递不平衡检验发现,rs1298215244:T＞C、rs504122:G＞C两种常见变异以及rs504122:G＞T罕见变异与NSCL/P的关联达到Bonferroni多重检验校正后的显著性水平,位于SPRY1的rs1298215244:T＞C其亲源效应矫正前具有统计学意义,但未能通过多重检验校正.结论:发现SPRY基因家族中的单核苷酸多态性与中国人群NSCL/P的发病风险存在关联,但未发现SPRY基因家族具有亲源效应.
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