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目的：应用ISSR-PCR标记技术研究不同种及居群莪术的亲缘关系和遗传多样性。方法：对蓬莪术、广西莪术和温郁金共8个居群的37个样本进行ISSR-PCR分析，用POPGEN32软件分析其遗传相似系数及遗传距离，UPGMA方法聚类，构建亲缘关系系统图。结果：5条引物共扩增出65个位点，其中34个位点是多态性位点，多态位点百分率为52．3％。遗传相似系数变化范围0．6864～0．9997。Neig基因多样性（H）指数为n1521，Shannon信息指数（I）为0．2338，莪术种内的遗传多样性低于种间。结论：