辣椒素是由辣椒果实产生的一组化合物,被广泛应用于许多领域,尤其是医药行业.辣椒素生物合成途径还没有被清楚地确定.为了解更多辣椒素生物合成的知识,我们对辣椒(Capsicum frutescensL.)胎座和果皮的混合材料进行了转录组测序.并使用不同的拼接软件对各拼接参数的影响进行了评估,最终获得了转录组数据de novo拼接的最佳策略之一.我们利用Trinity软件得到共54 045条高质量unigenes(转录物).约92.65％的unigenes与马铃薯、番茄和辣椒(C.annuum)ESTs数据库公共蛋白序列和基因组有相似性.我们预测到了3个新的结构基因(DHAD,TD,PAT),填补了由Mazourek提出的辣椒素分子合成途径中的空缺,并且以KEGG(京东基因与基因组百科全书)分析为基础,鉴定到了参与辣椒素生物合成新的候选基因.大量的SSR(简单重复序列)和SNP(单核苷酸多态性)标记在C.frutescens和C.annuum序列中被预测到,这些标记可在识别辣椒群体多态性方面提供帮助.这些数据将为辣椒素生物合成途径及相关研究提供新的思路.此外,我们的转录组de novo拼接策略也可用于其他大量类似研究中.