当前的一流学科建设中,诸多大学主要遵循经济逻辑,使得学科建设过分追求投入产出比,功利色彩浓厚;学科发展的自然生态被破坏,学科之间极度失衡;学科教学事实上被忽视,学科失去可持续发展的基础;学科考评体系对知识运用的重视程度不够,学科建设缺乏深厚的社会土壤;学科建设的经费对学科发展的环境、制度、理念等软环境建设的投入力度明显不足等等。基于学科生产、传播、运用知识的目的,基于当代知识生产模式的异质性、情境性、跨学科性、社会反思性、规模效应、本土性等特点,从大学的层面来看,一流学科建设必须遵循知识生产逻辑与经济逻辑辩证统一的原则,以知识生产逻辑为主线,经济逻辑为补充。具体表现为:坚守知识生产逻辑的主线;凸显知识的本土性与应用性;提倡"学科群"的理念;坚持全面的"学科"概念,彰显学科中教学的元素;加强一流学科团队的建设;尽量减少行政权力的粗暴干涉,使学科成为一个能够自主发展的自组织系统。