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蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段，由于常规的实验方法费时费力，计算机模拟蛋白质位点系统突变，并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要。介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方法，利用系综优化算法对各突变体的自由能进行计算，并提出合理的评估标准。与现有的生物学实验结果相比较，计算机模拟计算的正确率为69．23％，假阳性率为30．77％。