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随着当代生物信息学技术的不断发展，充分发挥生物信息学技术优势解决现代中医药研究中的复杂问题，不断推动现代中医药研究的发展，实现中医药现代化改革与创新目标。分析了现代中医药研究存在的挑战，并从生物信息学角度出发提出解决问题的思路。现代中医药研究借鉴生物信息学技术,多层次挖掘中医药现代化的内涵与外延，在系统层面上进一步推动了中医药现代化研究的改革与创新。