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基于B/S模式,利用JSP Web开发技术,采用一种新的技术路线在维吾尔药资源化合物数据库上设计和实现了一个化合物结构检索系统。系统用C++编程实现了VF2算法,作为DLL提供给系统进行JNI调用,从而实现了化合物的结构检索。系统同时实现了匹配结构的二维和三维动态显示。测试结果表明,该系统运行安全可靠,完全可以应用于实际工作中。