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目的：研究靶向药物在HER2阳性乳腺癌患者化疗中的临床应用价值。方法：纳入2012年3月-2014年3月佳木斯市中心医院收治的60例HER2阳性乳腺癌患者作为研究对象，采取随机数字表法将患者分为观察组和对照组，每组30例。对照组行CEF新辅助化疗，观察组在此基础上联合应用曲妥珠单抗靶向治疗。分别在化疗前后检测两组患者外周血CK19 mRNA水平，记录两组患者治疗效果和不良反应，随访记录两组患者预后。结果：观察组与对照组化疗后4周疾病控制率分别为90.00%与66.67%，两组比较差异有统计学意义（P<0.05）。两组化疗不良反应严重程度比较，差异均无统计学意义（P>0.05）。化疗后，观察组外周血CK19 mRNA显著低于化疗前和对照组，差异均有统计学意义（P<0.05）；不同疗效患者外周血CK19 mRNA水平比较，差异有统计学意义（P<0.05）。受试者工作曲线（ROC）分析显示，外周血CK19 mRNA水平判断疗效的AUC为0.816（P=0.003），灵敏度为0.8，特异度为0.6。观察组5年肿瘤无进展生存率显著高于对照组（P<0.05）。结论：曲妥珠单抗靶向药物用于HER2阳性乳腺癌患者有助于提高化疗效果，降低CK19 mRNA水平，提高5年肿瘤无进展生存率，另外监测外周血CK19 mRNA水平有助于判断治疗效果。