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目的建立黄连、姜黄连以及萸黄连饮片高效液相色谱指纹图谱和红外图谱,采用聚类和主成分分析比较其质量差异。方法建立黄连及其炮制品的指纹图谱和红外图谱,利用《中药色谱指纹图谱相似度评价系统》对黄连、姜黄连和萸黄连的指纹图谱进行相似度分析,并采用聚类分析和主成分分析对指纹图谱和红外图谱进行差异性分析。结果建立了黄连、姜黄连及萸黄连饮片的HPLC指纹图谱,标定共有峰12个,30批次样品的指纹图谱相似度较好,聚类分析大致可聚为3类;建立了黄连、姜黄连及萸黄连饮片的红外光谱检测方法,主成分分析可将3种饮片质量分为3类。