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感染性疾病是临床常见疾病,病原体诊断是其诊治中的关键环节.而常规病原体检测方法耗时长、阳性率低,难以满足临床需求,宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)作为一种新型病原检测方法,检测范围广泛,可检测细菌、病毒、真菌、寄生虫、罕见病原体、甚至未知病原体.mNGS具有无偏倚性,可以快速、高效、准确获得检测样本中所有核酸信息,分析出致病病原体,指导临床诊断和治疗,在疑难感染性疾病中发挥着重要作用.该文综述mNGS在细菌、真菌、病毒、寄生虫等感染中的诊断优势和临床应用价值.